MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Crinalium epipsammum PCC 9333 plasmid pCRI9333.03

Total Repeats: 244

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019754	GTT	2	6	27	32	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019754	AAAT	2	8	42	49	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019754	TTG	2	6	2623	2628	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019754	TTA	2	6	2766	2771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019754	TGCAC	2	10	2811	2820	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_019754	GCAC	2	8	2830	2837	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_019754	A	6	6	2847	2852	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019754	A	6	6	2919	2924	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019754	TTTG	2	8	2976	2983	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019754	TTG	2	6	3114	3119	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019754	TTG	2	6	3214	3219	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019754	TAA	2	6	3238	3243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019754	TA	4	8	4821	4828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019754	ACT	2	6	4864	4869	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_019754	GTT	2	6	4906	4911	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019754	CAC	2	6	4952	4957	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_019754	TAT	2	6	4958	4963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019754	TTG	2	6	4989	4994	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019754	TCC	2	6	5007	5012	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_019754	TAC	2	6	5023	5028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_019754	TTA	3	9	5050	5058	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019754	TTA	2	6	5136	5141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019754	ATT	2	6	5195	5200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019754	AACC	2	8	5264	5271	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_019754	TGT	2	6	5374	5379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019754	TAAT	2	8	5385	5392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019754	ACA	2	6	5429	5434	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019754	GC	3	6	5455	5460	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
29	NC_019754	CTA	2	6	5514	5519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019754	CAA	2	6	5768	5773	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019754	TTG	2	6	5808	5813	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019754	A	6	6	5963	5968	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019754	TAA	2	6	6021	6026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019754	ATATT	2	10	6031	6040	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019754	ATA	2	6	6044	6049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019754	T	6	6	6062	6067	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019754	A	6	6	6074	6079	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019754	GTT	2	6	6436	6441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019754	TGG	2	6	6460	6465	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019754	GAA	2	6	6490	6495	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019754	GAA	2	6	6619	6624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019754	GGT	2	6	6640	6645	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019754	TTTA	2	8	6690	6697	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019754	TGA	2	6	6702	6707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019754	ATT	2	6	6718	6723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019754	TTA	2	6	6735	6740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019754	TAT	2	6	6779	6784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_019754	GAA	2	6	6817	6822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019754	TTC	2	6	6836	6841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_019754	A	6	6	6960	6965	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019754	TAT	2	6	7014	7019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019754	A	6	6	7040	7045	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019754	A	6	6	7186	7191	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019754	GAT	2	6	7210	7215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019754	A	6	6	7267	7272	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019754	A	6	6	7275	7280	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019754	TGA	2	6	7296	7301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019754	ATT	2	6	7334	7339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019754	TAAA	2	8	7387	7394	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019754	A	6	6	7392	7397	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019754	TTA	2	6	7407	7412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019754	ATTA	2	8	7444	7451	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019754	TGTAG	2	10	7471	7480	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019754	TCT	2	6	8619	8624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_019754	A	7	7	8656	8662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019754	CTT	2	6	8690	8695	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_019754	TCGC	2	8	8746	8753	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_019754	TCA	2	6	8821	8826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019754	GCTCAA	2	12	8849	8860	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_019754	CG	3	6	9315	9320	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_019754	TAA	2	6	9330	9335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019754	ACT	2	6	9339	9344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_019754	TAA	2	6	9356	9361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019754	GCT	2	6	9365	9370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019754	TTG	2	6	9394	9399	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019754	TTG	2	6	9420	9425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019754	GAA	2	6	9710	9715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019754	CTA	2	6	9717	9722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019754	CTT	2	6	9795	9800	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_019754	TGC	2	6	9845	9850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_019754	A	7	7	9875	9881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019754	TTG	2	6	12572	12577	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019754	GCA	2	6	12685	12690	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_019754	TGG	2	6	12701	12706	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019754	TAA	2	6	12801	12806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019754	T	6	6	12842	12847	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019754	AAATT	2	10	12897	12906	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019754	TAC	2	6	12928	12933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_019754	CTC	2	6	13003	13008	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_019754	TA	4	8	13043	13050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019754	AT	3	6	13053	13058	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019754	ACC	2	6	13077	13082	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_019754	TA	3	6	13083	13088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019754	ATA	2	6	13714	13719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019754	CTAA	2	8	13733	13740	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_019754	ATT	2	6	15417	15422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019754	TAA	2	6	15429	15434	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019754	CTATCT	2	12	15481	15492	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019754	GAT	2	6	15562	15567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019754	TATCGC	2	12	15602	15613	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019754	T	6	6	15642	15647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019754	CTG	2	6	15676	15681	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_019754	AGAA	2	8	15708	15715	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019754	CTAGAA	2	12	15834	15845	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_019754	AGTG	2	8	15860	15867	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019754	ACTGAA	2	12	15882	15893	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_019754	ATT	2	6	15925	15930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019754	TTTA	2	8	15976	15983	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019754	ACT	2	6	16059	16064	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_019754	AGT	2	6	16068	16073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019754	T	6	6	16122	16127	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019754	ATA	2	6	19875	19880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019754	T	6	6	19955	19960	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019754	CAA	2	6	19981	19986	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_019754	TTC	2	6	20036	20041	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_019754	ACT	2	6	23417	23422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_019754	ACG	2	6	23468	23473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019754	TCCAA	2	10	23483	23492	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_019754	GTTA	2	8	23512	23519	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019754	AAC	2	6	23699	23704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_019754	AC	3	6	23713	23718	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_019754	AAC	2	6	23734	23739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019754	A	6	6	24279	24284	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019754	CTA	2	6	24314	24319	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_019754	A	6	6	24414	24419	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019754	GTTG	2	8	24422	24429	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019754	TC	3	6	24459	24464	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_019754	AACT	2	8	24465	24472	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_019754	GCG	2	6	24528	24533	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_019754	TTA	2	6	24579	24584	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019754	A	6	6	24701	24706	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019754	T	7	7	24718	24724	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019754	TAG	2	6	24753	24758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019754	ATAA	2	8	24832	24839	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019754	A	7	7	25343	25349	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019754	CTT	2	6	25375	25380	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_019754	GA	3	6	25577	25582	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019754	CT	3	6	25593	25598	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_019754	CGC	2	6	25626	25631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_019754	TTTG	2	8	25662	25669	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019754	TCT	2	6	25704	25709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_019754	TATT	2	8	27561	27568	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019754	AT	3	6	27569	27574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019754	AC	3	6	27575	27580	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_019754	AAC	2	6	27833	27838	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_019754	ATTA	2	8	29478	29485	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_019754	AAT	2	6	29502	29507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019754	AGC	2	6	29536	29541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_019754	TATT	2	8	29547	29554	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_019754	AAT	2	6	29585	29590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019754	CTA	2	6	29596	29601	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_019754	AAT	2	6	29622	29627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019754	TTA	2	6	29633	29638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_019754	CAG	2	6	29676	29681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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157	NC_019754	TAG	2	6	29744	29749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_019754	TAA	2	6	29758	29763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_019754	CTGA	2	8	30099	30106	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
160	NC_019754	TCAT	2	8	32907	32914	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
161	NC_019754	AG	3	6	33038	33043	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_019754	TTA	2	6	33427	33432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_019754	TGA	2	6	33447	33452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
167	NC_019754	AATAA	2	10	33517	33526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_019754	AGT	2	6	33533	33538	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_019754	AGC	2	6	34480	34485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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172	NC_019754	GGA	2	6	38019	38024	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
173	NC_019754	GGA	2	6	38090	38095	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_019754	GAT	2	6	41123	41128	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
183	NC_019754	A	6	6	41161	41166	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_019754	A	6	6	41173	41178	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_019754	TTA	2	6	41284	41289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_019754	AGG	2	6	44053	44058	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_019754	TA	3	6	45932	45937	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_019754	AAC	2	6	45957	45962	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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192	NC_019754	ATT	2	6	46013	46018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_019754	T	6	6	46017	46022	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_019754	AAAT	2	8	46106	46113	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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244	NC_019754	ACA	2	6	50723	50728	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.